Génomique des espèces cultivées et bioinformatique

Responsables

Bénédicte STURBOIS (Université d'Évry - Université Paris-Saclay), Nathalie BOUDET (Université d'Évry - Université Paris-Saclay) et Karine ALIX (AgroParisTech - Université Paris-Saclay).

Contenu

L’UE « Génomique des espèces cultivées et bioinformatique » a pour objectif de présenter les outils de la génomique et de la bioinformatique dans le but de les appliquer à l’étude du génome des plantes cultivées. Les spécificités des plantes cultivées au niveau de la structure des génomes (duplications, éléments transposables, multi-génomes…) mais également du caractère hétérozygote des lignées seront présentées. Les ressources génétiques et génomiques disponibles seront présentées à la lumière de leurs applications potentielles.

La partie dédiée à l’enseignement de la bioinformatique approfondira les notions de génomique comparative, de recherche de motifs protéiques et de relation structure-fonction. Elle abordera également la notion des réseaux : réseaux de régulation et réseaux d'interactions protéine-protéine en montrant comment les construire et les analyser pour faire de l'annotation fonctionnelle. Elle se basera sur des travaux menés en TD, à partir de données (issues par exemple de séquençage NGS).

Objectifs

Comprendre les bases de la génomique appliquée aux plantes cultivées ; savoir utiliser les bases de données en bioinformatique ; comprendre les spécificités d’évolution des génomes des plantes cultivées ; connaître les processus naturels et artificiels de création de diversité génétique.

Format

Cours magistraux pour définir les concepts nouveaux. TP de manipulation d’outils de bioanalyse pour initiation à la bioinformatique. Travaux bibliographiques encadrés en vue de l’analyse des articles des restitutions. Atelier bibliographique encadré avec restitution orale et discussion.

Français
UE obligatoire
CM: 29h, TD: 21h
ECTS: 4
Lieu(x): Evry